Research area: KBBE-2009-1-1-02 Mining genomics information of small ruminants to generate understanding of the genetic basis of phenotypes important to sustainable production and health
The 3SR project (Sustainable Solutions for Small Ruminants) brings together a strong and unique international consortium of 14 partners that will mine genomic information of sheep and goats to deliver a step-change in our understanding of the genetic basis of traits underlying sustainable production and health. To do this we will build on existing research resources in the major sheep and goat producing member states to discover and verify (in commercial populations) selectable genetic markers (and causative mutations where possible) for traits critical to sustainable farming, particularly in marginal areas. The targeted sustainability traits are mastitis susceptibility, nematode resistance and ovulation rate. These are traits that would markedly benefit from genetic markers, and traits for which we have evidence that polymorphisms exist with large effects on trait variation. We will apply the latest high-throughput genomics technologies, comparative and functional genomics; together with targeted genome sequencing and extensive in silica analyses to dissect important genetic components controlling these traits. Concurrently, we will deliver significant improvements in available genomic information and technologies for these species, thus having a lasting impact on European research capacity. Our work on genome resources will be undertaken in close collaboration with the International Sheep Genome Consortium and will make use of complementary resources provided by major research projects in Europe, Australasia, USA, Argentina and China.
3SR will provide selectable genetic markers that can be affordably applied by sheep and goat breeders to make important contributions to improving animal health, welfare, sustainability and the long-term competitiveness of small ruminant production in the EU. In addition 3SR will generate a collaborative infrastructure that will enable these orphan species to keep pace with the rapid developments in livestock genomics.
The group of Animal Breeding and Genetics of the department of Animal Production of the University of León participates in this project mainly through the analysis of a commercial population of Churra sheep for the detection and fine-mapping of genomic regions associated with mastitis resistance. This group also participates in the development of tools to model biological systems based on functional genomics data and structural genomics data.
More information about the project in http://www.3srbreeding.eu/Home.aspx
Contact: jjarrs@unileon.es
Area de investigación: KBBE-2009-1-1-02 (Uso) Extracción de la información genómica en los pequeños rumiantes para la identificación de la bases genética de fenotipos relacionados con sistemas productivos sostenibles y saludables
El proyecto 3SR (Sustainable Solutions for Small Ruminants) ha reunido un Consorcio Internacional único y de gran potencial que cuenta con 14 participantes cuyo objetivo será la obtención de una gran cantidad de información genómica de las especies ovina y caprina con lo que se espera que este proyecto represente un cambio en nuestra manera de interpretar y entender las bases genéticas de los caracteres de interés para la producción saludable y sostenible de estas especies ganaderas. Con este objetivo, el proyecto se basará en los recursos de Investigación que ya se han desarrollado por parte de los países de mayor producción de ganado ovino y caprino, para identificar y verificar (en poblaciones comerciales) marcadores genéticos, y si es posible mutaciones causales, que se puedan aplicar a los programa de selección para mejorar caracteres críticos para la cría sostenible de ganado, principalmente en áreas productivas marginales. Los caracteres de interés en relación a la producción sostenible objeto de estudio en este proyecto son la susceptibilidad a la mastitis, resistencia a infecciones por nematodos y la tasa de ovulación. Todos estos son caracteres cuya mejora se vería beneficiada sustancialmente por el uso de marcadores genéticos (debido a su baja heredabilidad y dificultad de control rutinario) y para los cuales hay evidencias previas de que existen polimorfismos (variantes genéticas?) que muestran efectos de magnitud considerable sobre la variación del carácter. El proyecto aplicará las más modernas tecnologías de genotipado masivo, genómica funcional y comparada, junto con la secuenciación genómica de segunda generación y análisis bioinformáticas (in silica) intensivos con el fin de identificar los componentes genéticos más relevantes que controlan los caracteres en estudio. Al mismo tiempo, se obtendrán mejoras significativas en relación a la información y la tecnología genómica disponible para las especies de interés, lo que tendrá un gran impacto sobre el potencial investigador de Europa en este campo. El trabajo sobre recursos genómicos se llevará a cabo en colaboración con el Consorcio Internacional del Genoma Ovino (International Sheep Genome Consortium) y hará uso de recursos complementarios proporcionados por grandes proyectos desarrollados en Europa, Australasia, USA, Argentina y China.
El proyecto 3SR proporcionará marcadores genéticos que puedan ser utilizados, a través de programas de selección, y de forma asequible, por los ganaderos de ovejas y cabras, contribuyendo así a la mejora de la sanidad, el bienestar y la sostenibilidad de estos sistemas productivos, así como a la competitividad a largo plazo de la producción ganadera Europea de pequeños rumiantes. Además, el proyecto 3SR generará infraestructuras que permitirán que estas especies menores se vean beneficiadas de los grandes avances que están teniendo lugar actualmente en el campo de la genómica de las especies domésticas.
El grupo de Mejora Genética Animal del Departamento de Producción Animal de la Universidad de León participa en este proyecto principalmente en lo relativo al análisis de una población comercial de ganado ovino de raza Churra para la detección y mapeo fino de regiones genómicas asociadas con resistencia a la mastitis. Este grupo también participa en el desarrollo de herramientas que tienen por objetivo modelar sistemas biológicos basados en datos de genómica funcional y genómica estructural.
Más información sobre el proyecto en http://www.3srbreeding.eu/Home.aspx
Contacto: jjarrs@unileon.es