Desde el curso académico 2007/08 existe la posibilidad de elaborar y defender tesis doctorales en régimen de cotutela que permite a aquellos doctorandos nacionales o extranjeros, que compartan su trabajo con otra universidad, además de la de León, defender su tesis en uno de los dos países y obtener un doble doctorado, siendo doctor por cada una de las universidades implicadas. Para ello, el doctorando, entre otros requisitos académicos y administrativos habrá de realizar su trabajo bajo el control y la responsabilidad de un director de tesis en cada una de las universidades.
Para realizar tesis doctorales en régimen de cotutela las dos Universidades implicadas suscribirán un convenio ajustándose al convenio marco disponible en la dirección http://www.unileon.es/estudiantes/estudiantes-doctorado/impresos#departamentos. Dicho convenio habrá de establecer el tiempo mínimo de estancia que deberá realizar el doctorando en cada Universidad. El doctorando deberá redactar su tesis en castellano o en ingles y en todo caso, al menos el resumen, el índice y las conclusiones, serán redactadas en castellano, ajustándose a las normas correspondientes que, en este aspecto, hubiere en la Universidad en la que se efectúe el depósito y defensa de la tesis doctoral.