Guia docente

DATOS IDENTIFICATIVOS

2024_25

Asignatura

HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS APLICADAS A LA BIOLOGÍA

Código

00206026

Enseñanza

0206 - GRADO EN BIOLOGÍA

Descriptores

Cr.totales

Tipo

Curso

Semestre

Optativa

Tercero

Segundo

Idioma

Castellano

Ingles

Prerrequisitos

Departamento

BIOLOGIA MOLECULAR

Responsable

POLANCO DE LA PUENTE , CARLOS GASPAR

Correo-e

cgpolp@unileon.es
sblal@unileon.es
lesaec@unileon.es

Profesores/as

BLANCO LANZA , SAUL

SÁENZ DE MIERA CARNICER , LUIS ENRIQUE

POLANCO DE LA PUENTE , CARLOS GASPAR

Web

http://

Descripción general

Esta asignatura está dividida en dos bloques. El primero está dedicado a los modelos ecológicos y las técnicas multivariantes para procesar datos en Ecología. El segundo cubre aspectos computacionales en Biología Molecular y Genómica, donde se examinan las principales bases de datos y las herramientas informáticas disponibles para su empleo efectivo en investigación.

Tribunales de Revisión

Tribunal titular
Cargo	Departamento	Profesor
Presidente	BIOLOGIA MOLECULAR	GARCIA GARCIA , PEDRO
Secretario	BIOLOGIA MOLECULAR	GONZALEZ CORDERO , ANA ISABEL
Vocal	BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL	VALBUENA RELEA , MARIA LUZ

Tribunal suplente
Cargo	Departamento	Profesor
Presidente	BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL	BECARES MANTECON , ELOY
Secretario	BIODIVERSIDAD Y GEST.AMBIENTAL	ANSOLA GONZALEZ , GEMMA
Vocal	BIOLOGIA MOLECULAR	HERRÁEZ ORTEGA , MARÍA PAZ

Competencias

Código
A56	206CMAT149 Conocimiento de las diferentes técnicas multivariantes de uso más frecuente para el tratamiento de datos en Biología, así como sus ventajas y limitaciones, de modo que el estudiante pueda seleccionar la técnica y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas
A60	206CMAT152 Conocimiento de los diferentes métodos de estimación de la biodiversidad, sus ventajas e inconvenientes, de modo que el estudiante pueda seleccionar el método y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas
A61	206CMAT153 Conocimiento de los programas de simulación de dinámica de poblaciones, comunidades y ecosistemas de uso más habitual. Capacidad de simular problemas medioambientales concretos y comprender e interpretar los resultados obtenidos a partir de los modelos de predicción
A66	206CMAT158 Conocimiento y aplicación de modelos de ecología espacial a la resolución de diferentes aspectos medioambientales
A141	206CMAT225 Manejar bases de datos de interés en Biología Molecular para la extracción de información y comparación de secuencias. Saber realizar alineamientos de secuencias. Analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas mediante programas informáticos
A339	206CMATT34 Interpretar los resultados obtenidos mediante todos los métodos y técnicas y de comunicarlos de forma coherente
B8	206CT8 Diagnosis y resolución de problemas medioambientales. Evaluación de impacto ambiental
B12	206CT12 Estructura y dinámica de poblaciones. Muestreo, caracterización y manejo d epoblaciones y comunidades
B21	206CT21 Material genético, estructura y organización. Manipulación, análisis y asesoramiento genético
B22	206CT22 Métodos y procedimientos para la gestión, conservación y restauración de poblaciones y ecosistemas
B28	206CTT2 Análisis y síntesis
B31	206CTT5 Comunicación oral y escrita en la lengua nativa
B34	206CTT8 Gestión de la información
B37	206CTT11 Organización y planificación
B38	206CTT12 Razonamiento crítico
B39	206CTT13 Sensibilidad hacia temas medioambientales
C1	CMECES1 Que los estudiantes hayan demostrado poseer y comprender conocimientos en un área de estudio que parte de la base de la educación secundaria general, y se suele encontrar a un nivel que, si bien se apoya en libros de texto avanzados, incluye también algunos aspectos que implican conocimientos procedentes de la vanguardia de su campo de estudio.
C2	CMECES2 Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio.
C3	CMECES3 Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética.
C4	CMECES4 Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado
C5	CMECES5 Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía

Resultados de aprendizaje

Resultados	Competencias
Manejar bases de datos de interés en Biología Molecular para la extracción de información y comparación de secuencias.	A141 A339	B21 B31 B34 B38	C1 C2 C3 C4 C5
Saber realizar alineamientos de secuencias.	A141 A339	B21 B34 B37	C2 C3 C4 C5
Analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas mediante programas informáticos.	A141 A339	B21 B34	C2 C3 C4 C5
Capacidad de interpretar los resultados obtenidos mediante todos los métodos y técnicas y de comunicarlos	A339	B31 B34	C2 C3 C4 C5
Conocimiento de los programas de simulación de dinámica de poblaciones, comunidades y ecosistemas de uso más habitual.	A61	B8 B12 B22	C1
Capacidad de simular problemas medioambientales concretos y comprender e interpretar los resultados obtenidos a partir de los modelos de predicción.	A61	B8 B22 B34 B38 B39	C2 C3 C5
Conocimiento de las diferentes técnicas multivariantes de uso más frecuente para el tratamiento de datos en Biología, así como sus ventajas y limitaciones, de modo que el estudiante pueda seleccionar la técnica y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas.	A56	B8 B28 B34 B37	C2 C3 C4
Conocimiento de los diferentes métodos de estimación de la biodiversidad, sus ventajas e inconvenientes, de modo que el estudiante pueda seleccionar el método y el programa más adecuado para resolver situaciones concretas.	A60	B8 B12 B28 B34 B39	C2 C3 C4 C5
Conocimiento y aplicación de modelos de ecología espacial a la resolución de diferentes aspectos medioambientales.	A66	B8 B12 B22 B39	C1 C2 C3 C4 C5

Contenidos

Bloque	Tema
Herramientas informáticas aplicadas a la Ecología	Tema E1: Tratamiento de datos en Ecología. Aplicación de técnicas multivariantes. Tipos, ventajas y desventajas. Tema E2: Análisis comparativo de los métodos de estimación de la diversidad. PRÁCTICAS: Práctica 1: Técnicas multivariantes. I. Clasificación. Práctica 2: Técnicas multivariantes. II. Ordenación. Práctica 3: Métodos de estimación de la diversidad. Práctica 4: Técnicas multifactoriales y estimación de la diversidad. Aplicación a un estudio ecológico concreto. I. Tratamiento de datos e interpretación de resultados. Práctica 5: Técnicas multifactoriales y estimación de la diversidad. Aplicación a un estudio ecológico concreto. II. Exposición y discusión de los resultados obtenidos.
Herramientas informáticas aplicadas a la Biología Molecular	Tema B1: La informática en el laboratorio de Biología Molecular. Análisis de datos electroforéticos. Análisis de restricción. Diseño de cebadores para PCR. Unión de contigs. Herramientas para secuencias. Tema B2: Bases de datos en Bioinformática. La información en la era genómica. El formato de la información. Herramientas de búsqueda. Tema B3: Alineamientos de secuencias por parejas. Métodos gráficos. Matrices de sustitución. Algoritmos de alineamiento óptimo. Tema B4: Uso de alineamientos para la búsqueda de secuencias en bases de datos. Algoritmo BLAST y significación de los resultados. Búsquedas BLAST, BLAT, PSI-BLAST y PHI-BLAST. Predicción de genes. Tema B5: Alineamientos múltiples de secuencias. Métodos iterativos y progresivos para la obtención de MSAs. Formatos de los MSAs. Utilización de los MSAs. Reconstrucción filogenética PRÁCTICAS: Empleo de diversos programas de bioinformática aplicados al análisis de datos de Biología Molecular

Planificación

Metodologías :: Pruebas
	Horas en clase	Horas fuera de clase	Horas totales
Sesión Magistral	8	15	23


Practicas a través de TIC en aulas informáticas	20	30	50

Pruebas mixtas	2	0	2

(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías

Metodologías ::

	descripción
Sesión Magistral	Exposición de los contenidos de la asignatura
Practicas a través de TIC en aulas informáticas	Aplicar a nivel práctico los conocimientos teóricos en un contexto determinado. Se realizarán simulaciones a través de las TIC.

Tutorías

Sesión Magistral

Practicas a través de TIC en aulas informáticas

descripción

El alumno puede contar con la ayuda del profesor en tutorias individuales, de caracter no obligatorio. Estas tutorías se realizaran en el despacho del profesor previa cita concertada a petición del alumno para facilitar coincidencia de horarios. También se podrán realizar tutorías a distancia empleando medios telemáticos.

Evaluación

	descripción	calificación
Otros	ver comentarios	ver comentarios

Otros comentarios y segunda convocatoria
Cada uno de los bloques de contenidos aporta el 50% de la nota final, siendo necesario obtener al menos un 4 sobre 10 puntos en cada uno de los bloques y una nota final igual o superior a 5 sobre 10 para superar la asignatura. En caso contrario, la nota final será la correspondiente al bloque con menor calificación. En el bloque impartido por profesorado del Área de Ecología, se realizará una prueba escrita que permitirá evaluar el dominio del alumno sobre el conjunto de los contenidos, tanto teóricos como prácticos, que representará un 60% de la nota final. El otro 40% corresponderá a la evaluación de la participación activa durante las clases y la exposición y/o memoria escrita de trabajos individuales y/o en grupos. En el bloque impartido por profesorado del Área de Genética, se realizará una prueba global teórico-práctica donde se valorará la resolución de problemas y casos (70 % de la nota). Los conocimientos teóricos también se evaluarán mediante una prueba específica escrita adicional (25 %). Las habilidades y conocimientos prácticos adquiridos se evaluarán mediante el aprovechamiento presencial de todas las sesiones prácticas, incluyendo las entregas de resultados para cada una de ellas (5 %). En la segunda convocatoria se realizarán pruebas independientes para cada uno de los bloques, en las que se podrán recuperar los aspectos no superados. Durante las pruebas de evaluación no se permitirá la tenencia ni el uso de ningún tipo de instrumento, material o recurso que sirva como fuente de información, a excepción del que sea expresamente autorizado por el profesorado en cada una de las pruebas. Su incumplimiento, así como la detección de fraude, copia o plagio, conlleva la calificación de suspenso en la asignatura.

Fuentes de información

Acceso a la Lista de lecturas de la asignatura

Básica
	Franklin, J. 2009. Mapping species distributions. Spatial inference and prediction. Cambridge University Press, New York Guisande, C et al. 2006. Tratamiento de datos. Ed. Díaz de Santos. Krebs, C. 1999. Ecological Methodology. 2nd Ed. Benajamin Cummings. Kesmir, C. 2014. Bioinformatics. Utrech University. Ebook publically available at http://bioinformatics.bio.uu.nl/kesmir/books.html Pevsner, J. 2015. Bioinformatics and Functional Genomics. 3rd edition. Wiley-Blackwell. (2nd edition 2009 en abierto desde Unileon)
Complementaria

Recomendaciones

Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente

BIOLOGÍA I / 00206001

BIOLOGÍA II / 00206002

ECOLOGÍA DE POBLACIONES / 00206009

GENÉTICA FUNDAMENTAL / 00206010