Research area: PEOPLE-2007-2-2.ERG Marie Curie Action: "European Reintegration Grants". Project title: High resolution mapping of a QTL region influencing fat percentage in Spanish Churra dairy sheep
Dairy sheep production in Mediterranean countries is based on the regional exploitation of a great variety of breeds, whose milk is processed into high quality cheese. The maintenance of these local breeds is strategically important from genetic diversity and environmental perspectives. Modern molecular genetics tools can be used to increase the efficiency of classic breeding programs in dairy sheep. Previously to the development of effective marker- or gene-assisted protocols, it is necessary to identify the genes controlling the production traits considered as selection targets.
This project will increase the density of genetic markers at a QTL region influencing milk fat percentage in a commercial population of Churra sheep, a Spanish indigenous breed highly specialized in milk production. Due to the similar efforts required for the analysis of other regions, the study of another QTL influencing milk protein percentage could be included, during the project progress, as an additional target QTL of this research. A combined linkage analysis and linkage disequilibrium analysis will subsequently be applied to refine the QTL positions, enabling the identification of positional and functional candidate genes included in the refined target QTL regions. The strongest candidate genes and also inter-genic regions will be characterised further by sequence analysis for SNP discovery. The allelic variants identified will then be tested for possible relationships with milk fat and protein percentages. This project will represent the first attempt to move genetic mapping in DAIRY sheep, from low-density linkage studies to high-density linkage disequilibrium and association methods.
The project will take advantage of the information derived from the latest release of the Bovine Genome sequence (comparative approach) and the Virtual Sheep Genome sequence. This is a novel approach to gene identification in dairy sheep, which has only just become possible with the increased available information on the sheep and cattle genomes. The successful fulfilment of the project objectives may lead to the implementation of molecular information into the classic breeding program currently running in the Churra population.
More information about the project in http://soricaria.unileon.es/SheepMilkGenes/
Contact: jjarrs@unileon.es
Area de investigación: PEOPLE-2007-2-2.ERG. Acción Marie Curie “Programa de becas de Reintegración Europea”. Título del proyecto: Mapeo de alta resolución de un QTL para el porcentaje de grasa en la leche identificado en el ganado ovino de raza Churra
La producción de ganado ovino lechero en los países mediterráneos se basa en la cría a nivel regional de una gran variedad de razas ovinas cuya leche se destina a la producción de quesos artesanos de alta calidad. El mantenimiento de estas razas locales es de gran importancia estratégica desde el punto de vista de la diversidad genética y del medioambiente. Hoy en día existen herramientas de genética molecular que pueden utilizarse para incrementar la eficiencia de los programas de cría y mejora clásicos utilizados en ganado ovino lechero. Hay que tener en cuenta, sin embargo, que par el desarrollo de protocolos efectivos de selección asistida, r marcadores o genes, es necesaria la previa identificación de los genes que controlan los caracteres productivos objeto de selección.
Este proyecto se propone incrementar la densidad de marcadores genéticos en una región cromosómica portadora de un QTL con influencia sobre el porcentaje de grasa en la leche, que fue previamente identificado en una población comercial de ganado ovino de raza Churra, una raza altamente especializada en la producción lechera. Aprovechando el mismo diseño experimental, durante el desarrollo del proyecto, se puede incluir, como objetivo adicional, el estudio y mapeo fino de otro QTL identificado en la misma población para el porcentaje de proteína en la leche. Adeás de los análisis de ligamiento clásicos, se realizará un análisis de ligamiento combinado con análisis desequilibrio de ligamiento, lo que permitirá acotar con mayor precisión los intervalos de confianza de los QTL en estudio e identificar, dentro de las regiones genómicas redefinidas, genes candidatos posicionales y funcionales. Los candidatos más prometedores, además de ciertas regiones intergénicas, serán analizados mediante secuenciación con el objetivo de identificar polimorfismos, principalmente de tipo SNP. La posible relación de las variantes alélicas identificadas con el porcentaje de grasa y proteína de la leche será posteriormente valorada mediante los correspondientes análisis de asociación. Con respecto al ganado ovino de leche, este proyecto representa un primer intento de avanzar, a partir de un estudio clásico de mapeo de baja densidad, hacia un estudio de alta densidad de marcadores basado en los métodos de desequilibrio de ligamiento y asociación.
El proyecto SheepMilkGenes se cimentará en la información genómica derivada de la última versión de la secuencia del genoma bovino (mapeo comparado), y de la secuencia virtual del genoma ovino. En el campo de la genética del ganado ovino de leche, esta aproximación representa un método novel de identificación de genes candidatos, sólo posible de proponer por la disponibilidad de una creciente información derivada de los proyectos de secuenciación de los genomas ovino y vacuno. La consecución exitosa de este proyecto podría hacer posible que la información molecular derivada del mismo se pudiera aplicar directamente al programa clásico de mejora que se lleva a cabo en el ganado ovino de raza Churra.
Más información sobre el proyecto en http://soricaria.unileon.es/SheepMilkGenes/
Contacto: jjarrs@unileon.es